微生物及循环农业研究室：以充分利用农业废弃物，提高资源利用率与污染防控率，实现增产增收与保护生态的双赢为目标，构建循环农业模式，服务地方产业发展。研究室开展作物秸秆利用研究、马铃薯淀粉加工废弃物与高原夏菜尾菜的资源化利用过程中重大关键技术研究、秸秆腐熟菌剂研发、青贮饲料菌剂研发，盐碱地土壤改良菌剂研发等。形成秸秆腐熟、有机物料腐熟、尾菜处理、废弃物加工、盐碱地改良等生物菌剂和生物菌肥等多种产品。

研究室基础设施设备齐全，实验室占地200m²，现有超净工作台、10L无菌发酵罐、100L菌剂发酵罐、分子蒸馏仪、超临界二氧化碳萃取仪等仪器设备50台（套），可满足微生物菌株分离筛选、优良菌株培养、菌剂发酵、农产品精深加工等研究工作的开展。