甘肃省农业科学院生物技术学科始创于1972年，历经多年发展，2001年组建甘肃省农业科学院生物技术中心，并于2006年成立了甘肃省农业科学院生物技术研究所。

以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，以现代生物学为背景，服务全省农业发展。运用现代农业生物技术手段开展作物遗传改良、作物育种应用技术、栽培技术、农业微生物应用、种子种苗繁育技术及种子种苗质量检验检测研究。开展人才培养、技术示范、成果转化、科技服务与培训。

现有职工33人，其中管理岗位3人，专业技术岗位30人，高级职称19人，博士和在读博士7人，硕士18人。所内设置分子育种中心、种子种苗质量检测中心、特色作物苗木繁育中心、细胞工程研究室和微生物及循环农业研究室共5个研究室，2个国家现代农业产业技术体系--中药材产业技术体系食用百合栽培技术岗位和特色油料产业技术体系胡麻兰州综合试验站。

主持完成国家转基因重大专项、国家“星火”计划、中央引导地方科技专项、国家现代农业产业技术体系岗位和试验站、国家自然基金等各类国家及省级科研项目90多项，取得成果60多项，获得成果奖励20多项，其中省专利二等奖1项，省科技进步三等奖6项，省农牧渔业丰收奖二、三等奖5项，中国商业科技进步一、二、三等奖5项，授权国家发明专利46项，发表论文200多篇，出版专著5部。育成并示范推广作物新品种6个，新技术10多项，累计示范推广面积700多万亩，新增产经济效益近3亿元。